- La excesiva acumulación de basura, además de ser un impacto visual negativo, y alterar otros elementos de la naturaleza, cambia la condición de los nutrientes, según el tipo de basura,

- Los principales problemas de contaminación son los agentes patógenos de aguas residuales tratadas inadecuadamente que se arrojan en playas, lagos y ríos y en las que el turismo contribuye a través de las descargas de la infraestructura turística.

- La cantidad de turistas en determinados momentos ha generado desabastecimiento y falta del recurso agua

- Generación de residuos que provoquen problemas de depuración de aguas residuales y recogida de basura, creación vertidos incontrolados, etc.

- Contaminación de la quebrada Juanjuicillo (Quebrada que abastece a Chapawanki), esto se debe a la falta de conciencia turística por parte de los visitantes al arrojar desechos inorgánicos contaminantes a las aguas de la quebrada.

- Falta de conocimiento en base a un desarrollo sostenible (extracción de objetos y especies endémicas  de su ámbito geográfico)

-  Falta de sensibilización y conciencia ecológica- turística de los pobladores y visitantes.

- Erosión y degradación del entorno a causa de les actividades turísticas, deterioro del hábitat de flora y fauna, etc.